In Bayern sind die Landkreise und kreisfreien Gemeinden zur Tierkörperbeseitigung verpflichtet. Zu diesem Zweck können sie sich zu Zweckverbänden zusammenschließen und/oder die Beseitigungspflicht auch auf private Betriebe übertragen. Gesetzliche Regelungen finden sich im Tierische Nebenprodukte-Beseitigungsgesetz (TierNebG) und im bayerischen Gesetz zur Ausführung des Tierische Nebenprodukte-Beseitigungsgesetzes (AGTierNebG).

Die Beseitigung verendeter oder sonstiger getöteter Tiere, die nicht der Schlachtung zugeführt werden, erfolgt in Tierkörperbeseitigungsanstalten. Die Kosten der Tierkörperbeseitigung von abholpflichtigem Vieh werden anteilig vom Tierhalter, den beseitigungspflichtigen Kommunen, vom Freistaat Bayern und der Bayerischen Tierseuchenkasse getragen Art. 4 Abs. 2 und 3 AGTierNebG 

• Der Tierhalter trägt lediglich 25 % der Kosten der Verarbeitung (nicht des Transports).
• Die beseitigungspflichtigen Kommunen, der Freistaat Bayern und die Bayerische Tierseuchenkasse tragen die Verluste aus der Tierkörperbeseitigung zu je einem Drittel, wobei der Anteil der Tierseuchenkasse um die Eigenbeteiligung der Tierhalter gekürzt wird (25 % der Kosten der Verarbeitung; siehe oben).

Die Gesamtkosten der Tierkörperbeseitigung betragen in Bayern jährlich ca. 15 Millionen Euro. Der von der Bayerischen Tierseuchenkasse zu tragende Kostenanteil wird durch die Tierseuchenbeiträge der Landwirte finanziert. Die in der Beitragskalkulation berücksichtigten Kosten betragen mehr als 20 % der erhobenen Tierseuchenbeiträge.