Die Beseitigung verendeter oder sonstiger getöteter Tiere, die nicht der Schlachtung zugeführt werden, erfolgt in Tierkörperbeseitigungsanstalten. Die Kosten der Abholung der Tierkörper werden von den Beseitigungspflichtigen, von der Tierseuchenkasse und dem Freistaat Bayern zu je einem Drittel getragen; die Kosten der Verarbeitung der Tierkörper muss der Tierhalter seit 01.01.2005 aus EU-rechtlichen Gründen mit mindestens 25 % Eigenanteil direkt tragen.

Der von der Tierseuchenkasse zu tragende Kostenanteil wird durch die Tierseuchenbeiträge der Landwirte finanziert. In den letzten Jahren sind die Kosten der Tierkörperbeseitigung kontinuierlich angestiegen und erreichen mittlerweile mehr als 20 % der Beitragseinnahmen der Tierseuchenkasse. Aufgrund der durch die BSE-Problematik ausgelösten Diskussion um die Verfütterung von Tiermehl und die damit verbundenen Maßnahmen der EU und des Bundes (generelles Verfütterungsverbot von Tiermehl und die Pflicht zu dessen unschädlicher Beseitigung) sind weitere Kostensteigerungen eingetreten. Dies wird sich auch künftig auf die Höhe der Tierseuchenbeiträge auswirken.

Siehe auch Rechtsgrundlagen: Art. 4 Abs. 2 und 3 AGTierNebG

Trotz dieser seit Jahren gültigen Verfahrensweise in Bayern ist es aus EU-rechtlichen Gründen und Gründen der Gleichbehandlung in allen Ländern erforderlich, dass einheitlich alle Tierhalter mindestens 25 % der Defizite, die aus der Verarbeitung der verendeten Tiere - ca. 40 % der Gesamtkosten - entstehen, direkt zu tragen haben. Die Kosten des Einsammelns und des Transportes der verendeten Tiere - ca. 60 % der Gesamtkosten - werden in Bayern weiterhin von den Beseitigungsanstalten direkt mit der Tierseuchenkasse abgerechnet; d.h., dass jetzt trotz der direkten Kostenbeteiligung der Tierhalter diese nur 10% des Gesamtdefizits zu tragen haben. Die restlichen 90% werden wie bisher von den Zweckverbänden, dem Freistaat Bayern und der Bayerischen Tierseuchenkasse jeweils zu etwa einem Drittel abgedeckt.